魚菜共生是一種新型的復合耕作體系，它把水產養殖與蔬菜生產這兩種原本完全不同的農耕技術，通過巧妙的生態設計，達到科學的協同共生，從而實現養魚不換水而無水質憂患，種菜不施肥而正常成長的生態共生效應。
魚菜共生耕作體系有以下幾種模式：
1、閉鎖循環模式：
養殖池排放的水經由硝化床微生物處理后，以循環的方式進入蔬菜栽培系統，經由蔬菜根系的生物吸收過濾后，又把處理后的廢水返回至養殖池，水在養殖池、濾液床、種植槽三者之間形成一個閉路循環。
2、開環模式：
養殖池與種植槽（或床）之間不形成閉路循環，由養殖池排放的廢水作為一次性灌溉用水直接供應蔬菜種植系統而不形成返還回流，每次只對養殖池補充新水。在水源充足的地方可以采用該模式。
根據種植部份的技術差異又分為以下幾種共生方式：
1、直接漂浮法：
用泡沫板等浮體，直接把蔬菜苗固定在漂浮的定植板上進行水培；這種方式雖然簡單，但利用率不高，而且一些雜食性的魚會有吃食根系的問題存在，需對根系進行圍篩網保護，較為繁瑣，而且可栽培的面積小，效率不高，魚的密度也不宜過大。
2、養殖水體與種植系統分離：
兩者之間通過礫石硝化濾床設計連接，養殖排放的廢水先經由硝化濾床或（槽）的過濾，硝化床上通常可以栽培一些生物量較大的瓜果植物，以加快有機濾物的分解硝化。經由硝化床過濾而相對清潔的水再循環入水培蔬菜或霧培蔬菜生產系統作為營養液，用水循環或噴霧的方式供給蔬菜根系吸收，經由蔬菜吸收后又再次返回養殖池，以形成閉路循環。這種模式可用于大規模生產，效率高，系統穩定。
3、養殖水體直接與基質培的灌溉系統連接：養殖區排放的廢液直接以滴灌的方式循環至基質槽或者栽培容器，經由栽培基質過濾后，又把廢水收集返回養殖水體，這種模式設計更為簡單，用灌溉管直接連接種植槽或容器形成循環即可。大多用于瓜果等較為高大植物的基質栽培，需注意的地方是，栽培基質必須選質豌豆狀大小的石礫或者陶粒，這些基質濾化效果好，不會出現過濾超載而影響水循環，不宜用普通無土栽培的珍珠巖、蛭石或廢菌糠基質，這些基質因排水不好而容易導致系統的生態平衡破壞。
魚菜共生目前是無土栽培中最高級的模式，通過這種模式讓動物、植物、微生物三者之間達到一種和諧的生態平衡關系，是未來可持續循環型零排放的低碳生產模式，更是有效解決農業生態危機的最有效方法。